Una forma sencilla de hacer este cambio a gran escala es escribir una sentencia SQL que a su vez construya todas las consultas que nos permitirán hacer estos cambios.
La siguiente consulta nos da como resultado las consultas que se deberán ejecutar para eliminar todas las llaves foráneas de una Base de Datos específica, en este caso se deberán seleccionar sólo aquellas consultas que eliminen las llaves que se desean eliminar:
SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',table_schema,'.',table_name,' drop foreign key ', CONSTRAINT_NAME,';') FROM information_schema.TABLE_CONSTRAINTS WHERE CONSTRAINT_TYPE='FOREIGN KEY' AND table_schema = 'NOMBRE_BD';
Después de eliminar las llaves foráneas, es posible hacer el cambio de engine de InnoDB a MyISAM, si se trata de muchas tablas podemos ejecutar una consulta que nos de como resultado las consultas necesarias para transformar cada tabla InnoDB a MyISAM y seleccionar las que sean útiles para ejecutarlas, para el caso esta es la consulta:
SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',table_schema,'.',table_name,' engine=MyISAM;') FROM information_schema.tables WHERE engine = 'InnoDB' and table_schema = 'NOMBRE_BD';